Eine RNA-Seq-Analyse-Pipeline
READemption ist ein Softwaretool für die Analyse von Daten aus RNA-Sequenzierungsexperimenten. Ausgehend von den Reads – also den RNA-Sequenzen die millionenfach von Sequenzierautomaten generiert werden – können mit READemption alle essenziellen Schritte der Datenanalyse eines typischen RNA-Seq-Experiments durchgeführt werden:
- Qualitätsfilterung
- Mapping der Reads
- Quantifizierung der gemappten Reads pro Gen
- Erstellung von Coverage-Dateien zur Visualisierung der gemappten Reads in einem Genome Browser
- Durchführung von differentiellen Genexpressionsanalysen.
READemption kann dabei für die einzelnen Teilschritte Grafiken erstellen, die ein einfaches explorieren der Daten ermöglichen. Diese Grafiken können zudem direkt in Publikationen benutzt werden, um die Ergebnisse der einzelnen Teilschritte auf einen Blick darzustellen.
Aufgaben von ZB MED
ZB MED entwickelte READemption stetig weiter, um neuen Trends der RNA-Sequenzierung gerecht zu werden. Die letzten Neuerungen, zielten darauf ab, Daten aus Dual- bzw. Multi-RNA-Sequenzierungsexperimenten automatisch verarbeiten zu können. Außerdem unterstützt ZB MED die Nutzer:innen über die Issue-Seite READemptions auf GitHub.
