ZB MED: Informationszentrum Lebenswissenschaften

Newsletter 4/20

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Liebe Leserinnen und liebe Leser,

mit unserem Newsletter informieren wir Sie vier Mal im Jahr über die vielfältigen Aktivitäten von ZB MED – aktuelle Entwicklungen, neue Projekte, Veranstaltungen. In diesem Newsletter können wir aber nicht einfach zur Tagesordnung übergehen. Zu sehr ist jede und jeder einzelne von uns sowie die Gesellschaft insgesamt von der globalen COVID-19-Pandemie betroffen. 

In diesem Newsletter informieren wir Sie daher ausschließlich über unser Engagement rund um die COVID-19- / SARS-CoV-2-Forschung. Denn als zentrale Fachbibliothek und datenwissenschaftliches Forschungsinstitut in den Lebenswissenschaften sind wir in dieser Krise gefordert. Wir stellen – auch zusammen mit unseren Partnerinnen und Partnern – unsere Expertise bereit. Die daraus entstehenden Angebote haben wir auf dem ZB MED COVID-19 Hub gesammelt. Der Hub wird sukzessive ausgebaut – selbstverständlich sind alle Services und Tools frei zugänglich. 

Hier im Newsletter geben wir Ihnen nun einen Überblick. Und wir haben eine Bitte: Verbreiten Sie die Informationen in Ihren fachspezifischen Netzwerken, damit die Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler die Angebote kennen und darauf zugreifen. So können wir gemeinsam die Forschung an COVID-19 und SARS-CoV-2 voran bringen.


Herzliche Grüße und bleiben Sie gesund!
Ihr Dietrich Rebholz-Schuhmann
Wissenschaftlicher Leiter von ZB MED

 

Themenübersicht

ZB MED COVID-19 Hub

Publikationen und weitere Quellen - kuratiert und systematisiert

Forschungsdaten zu SARS-CoV-2 / COVID-19

LIVIVO COVID-19 Collection

Bioinformatische Werkzeuge

ZB MED im NFDI4Microbiota-Konsortium

Hackathons rund um COVID-19 und SARS-CoV-2

Publikationen über COVID-19 und SARS-CoV-2 im Fachrepositorium Lebenswissenschaften

ZB MED COVID-19 Hub

 

ZB MED hat verschiedene Datensätze, Service-Angebote und Tools für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler im Bereich der Forschung an SARS-CoV-2 und COVID-19 zusammengestellt. Sie finden Sie auf dem ZB MED COVID-19 Hub.

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Publikationen und weitere Quellen - kuratiert und systematisiert

ZB MED sichtet valide Internetquellen - überwiegend Publikationen - und stellt sie systematisiert zusammen. Die Übersicht enthält frei verfügbaren Verlags- und Open-Access-Angebote. Sie verlinkt Preprint-Server, Datenbanken und Suchportale rund um das Coronavirus SARS-CoV-2 und COVID-19. Zudem werden Statistiken, Übersichtskarten und Trainingsmaterialien aufgelistet. Alle Einträge sind sowohl nach Publikationstypen als auch thematisch systematisiert. 

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Forschungsdaten zu SARS-CoV-2 / COVID-19

 

Für die Veröffentlichung von Forschungsdaten stellen wir unsere PUBLISSO-Infrastruktur und -Beratung zur Verfügung. Forschungsdaten können im Fachrepositorium Lebens­wissen­schaften publiziert werden, so dass die weitere Nutzung möglich ist. Wir unterstützen die Forschenden sowohl bei der Veröffentlichung mit den richtigen Metadaten, der Zuweisung eines persistenten Identifikators zu jedem Datensatz als auch bei Fragen zum Datenschutz, zur Dokumentation und Formatierung, der technischen Wiederverwendbarkeit und der Integrität.

Share your research data!

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LIVIVO COVID-19 Collection

 

Die Spezial-Suche im ZB MED-Suchportal LIVIVO ermöglicht die Recherche in rund 50.000 spezifischen Einträgen aus verschiedenen Quellen. Unter anderem ist das COVID-19 Open Research Dataset integriert. Zudem lassen sich auch die ganz aktuell relevanten Preprints aus bioRxiv und medRxiv finden. Die neue Suchoberfläche beinhaltet die gleichen, komfortablen Recherchemöglichkeiten wie die reguläre LIVIVO-Suche. 

 

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Bioinformatische Werkzeuge

 

Für molekularbiologisch Forschende stellen wir interaktive, bioinformatische Werkzeuge wie z.B. einen jbrowse-basierten  Genomebrowser, Multiples Sequence Alignment Viewer und phylogenetische Bäume der kompletten SARS-CoV-2-Genome bereit. Das Angebot wird kontinuierlich in Zusammenarbeit mit anderen Forschenden weiterentwickelt.

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ZB MED im NFDI4Microbiota-Konsortium

Bisher sind erst wenige Genome des Coronavirus SARS-CoV-2 öffentlich verfügbar. NFDI4Microbiota, das Konsortium der Nationalen Forschungs­daten­infra­struktur zur Erforschung von Mikrobiota, arbeitet daran, die Anzahl der öffentlich zugänglichen Genome signifikant zu erhöhen. Gemeinsam mit Partnerlaboren unterstützt das Konsortium Forschende bei der Probenvorbereitung, der Genomsequenzierung und Assemblierung sowie der Ablage der resultierenden Sequenzen in öffentlichen Repositorien. ZB MED ist federführend an NFDI4Microbiota beteiligt.

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Veranstaltungen und Publikationen

Hackathons rund um COVID-19 und SARS-CoV-2

 

In Hackathons entwickeln Teilnehmende aus verschiedenen Bereichen innerhalb einer festgelegten Dauer kollaborativ Software zur Unterstützung der Forschung und finden Lösungen zu spezifischen Problemen. Im ZB MED COVID-19 Hub sammeln wir aktuelle Informationen zu diesen und anderen Veranstaltungen und aktualisieren sie regelmäßig.

Diese Veranstaltungen fanden bereits statt oder laufen:

  • EUvsVirus Focus on connecting civil society, innovators, partners and investors, 2020.04.24 - 2020.04.26
  • Virtual COVID-19 BioHackathon Focus on data and tools development, 2020.04.05 - 2020.04.11
  • MIT - COVID19 Challenge Focus on data and tools, challenge-oriented, 2020.04.03-2020.04.05 (more challenges and dates on this series announced on the event webpage)
  • Code vs COVID19 Focus on data and tools development, 2020.03.27 - 2020.03.29
  • HackCOVID2 Focus on data and tools development, challenge-oriented, 2020.03.27 - 2020.03.29
  • COVID Hacks Focus on data and tools development, challenge-oriented, 2020.03.27 - 2020.03.29
  • COVID-19 Global Hackathon: Focus on data and tools development, challenge-oriented, 2020.03.26 - 2020.03.30
  • Pandemic Response Hackathon Focus on data and tools development for pandemic response, challenge-oriented, 2020.03.23 - 2020.03.29
  • Wir vs Virus Focus on data and tools development, 2020.03.20 - 2020.03.22

Folgen Sie uns unter @zb_med auf Twitter. Dort halten wir Sie über alle Veranstaltungen - und vieles mehr - auf dem Laufenden. .

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Publikationen über COVID-19 und SARS-CoV-2 im Fachrepositorium Lebenswissenschaften

Das PUBLISSO-Fachrepositorium Lebenswissenschaften bietet freien Zugang zu Wissensressourcen aus den Lebenswissenschaften. Es ermöglicht die kostenfreie, elektronische Zweitveröffentlichung wissenschaftlicher Texte und Forschungsdaten. Inzwischen ist dort auch eine Sammlung von Open-Access-Artikeln zu Covid-19 und SARS-CoV-2 entstanden, die ständig erweitert wird.

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